Per le altissime cariche civili attribuite ai suoi grandi sacerdoti e per i doni cospicui che i sovrani gli avevano elargito, il santuario tebano di Amon aveva assunto, durante la seconda parte della XVIII dinastia, un peso e un’autonomia eccessivi, tali da consentirgli di fronteggiare lo stato. Era una situazione pericolosa a cui cercò di mettere rimedio Amenofi IV, che governò dal 1379 al 1362 a.C. Egli privò il primo sacerdote di Amon dei suoi possedimenti e mise a punto una riforma religiosa, sostenuta con passione dalla moglie Nefertiti, che scosse l’intera struttura amministrativa. Amenofi sostituì il culto di Amon con quello di Aton, una divinità già esistente ma poco nota, rappresentata nel disco solare e concepita come forza della natura beneficante e universale di tutta l’umanità e non solo dell’Egitto. Questi principi sono espressi nel famoso "Inno a Aton", scritto probabilmente dallo stesso faraone. Il re mutò anche il proprio nome da Amenofi ("Amon è benevolo") in Akhenaton ("Colui che è al servizio di Aton"), e abbandonò Tebe per fondare una nuova capitale, Akhetaton ("Orizzonte di Aton"), presso l’odierna Tell el-Amarna (370 km a nord di Tebe). Una riforma religiosa di tale portata non era, però, adatta ai sentimenti del popolo; contro di essa si levarono tali resistenze che, dopo un decennio, Amenofi si vide costretto a tornare a Tebe e a restaurare il culto di Amon.